HFA-doktorgradsstudentene får muligheten til å dra nytte av veilederens vell av erfaring og fremragende kompetanse samtidig som de bygger opp et forskningsnettverk. Det er mulig å ta en Ph.D. i ulike STEM-relaterte fag i henhold til din tidligere akademiske bakgrunn, som ingeniørfag, informatikk, naturvitenskap/matematikk og psykologi/medisin. Ph.D. studenter ved Hector Fellow Academy er ansatt som forskningsassistenter for en periode på tre år. Lønnen tilsvarer internt reglement ved universitetet til respektive Hector-stipendiat.

I løpet av forskningsfasen fokuserer studentene på vitenskapelig forskning for doktorgraden. prosjekt som gjennomføres i en forskningsgruppe ledet og veiledet av en MPSP-stipendiat. Studentene er også tildelt en medveileder, ideelt plassert ved et annet universitet.